Les principaux partenaires du CNPK sont :
- Le Gouvernement du Burundi/Ministère de la Santé et de la Lutte contre le SIDA (membre fondateur) : appui en personnel et subsides (mais insuffisantes/voir les besoins du Centre).
- L’a.s.b.l/ONG CARAES (membre fondateur) : appui pour le fonctionnement du CNPK.
- L’Eglise Catholique du Burundi (membre fondateur).
- Les Frères de la Charité (membre fondateur)/CARAES (même appui)
- Le Ministère de la Solidarité Nationale (appui aux indigents)
- Les autres centres psychiatriques de la sous région à travers la coordination CARAES.
- Médecins Sans Vacances (renforcement des capacités du personnel).
- Migration Internationale pour le Développement en Afrique (MIDA)/Projet de l’Organisation Internationale pour les Migrations (OIM) : renforcement des capacités du personnel soignant.
- Centre Psychiatrique Sint Amedeus-Mortsel-Belgique (parrainage avec le CNPK, soutien aux malades/nutrition pour les malade et enfants malnutris, paiement des tickets/transport pur les malades indigents-Projet Social Habwa Impundu-.
- Hôpital Saint Elizabeth- Zottegem-Belgique « ACTIONS DE CAREME 2011 » (projet de réinsertion socioprofessionnelle/projet de coiffure pour quelques malades après hospitalisation).
- Les intervenants en santé mentale : Twagurumutima, HealthNet TOP, CEAP (cenrtre d’écoute et assistance psychologique).
- Ministère de la Sécurité Nationale (soins aux policiers)
- Ministère de la Force de défense Nationale et des Anciens combattants (soins militaires)
- Africa humanitarian Action (AHA) (soins aux rapatriés)
- PTDR (Projet transitoire de Démobilisation et la Réintégration) : soins aux démobilisés.
- INSP(Institut National de Santé Publique)
- ESTHER(Ensemble pour une Solidarité Thérapeutique Hospitaliére En Réseau)
- CTB (Coopération Technique Belge)
- AHD(Action Humanitaire contre la Délinquance)